Een eerste tussentijds rapport over de waterkwaliteit van de Stiemer geeft aan dat de beek stroomafwaarts meer stoffen zoals stikstof en fosfor bevat. Volgens de onderzoekers en het stadsbestuur komt dat door de instroom van rioolwater. Recent heeft Aquafin werken uitgevoerd om die instroom terug te dringen, maar het is voorlopig onduidelijk wat het effect is van die werken.